用于過濾除菌的過濾器可大致分為積層式（深層過濾器）和篩分式（篩濾器、膜濾器）兩種，按過濾推動力，又可將過濾除菌設備分為常壓過濾機、加壓過濾機和自動壓濾機三類。常壓過濾效率低，僅適用于易分離的物料；加壓和自動壓濾機是以外部加壓式或真空產生的壓差為動力，使待過濾的物體從過濾器內通過，截留住懸浮于流體中的粒子，過濾效率較高，應用較廣泛。

這類過濾器是利用硅藻土（灰白色、為粗二氧化硅水合物，由硅藻遺骸堆集海底而成）、玻璃纖維等材料分別與白陶土或單獨煅燒而成，形狀呈圓柱體，因形狀細長似棒，故又稱濾棒，也有呈盤狀體的。根據濾材的不同，可分為硅藻土濾器、素瓷濾器、石棉濾器和容玻璃濾器等。

自動壓濾機的除菌原理主要是隨流阻擋作用。由于通道或毛細管的孔徑比所滯留的粒子大，因而除菌主要靠積層效應（積層越厚、粒子越易被毛細管截留）和吸附效應起作用。

自動壓濾機有多種過濾介質，雖然各種過濾介質特性不同，但這種類型的過濾器均有共同特點：自動壓濾機過濾容量比篩分式的大；小徑粒子從濾層結構中通過時也能被截留；介質層結構對除去粒子沒有選擇性；具有吸附作用；流量大時，有時截留不徹底；介質有脫落現象，因而介質有時也會進入濾液；大徑粒子有時也會因過濾壓力的變化而從介質結構中漏掉；液耗量比篩分式的大。